برخی از بیماران، افسردگی مقاوم به دارو را تجربه می کنند و ممکن است حتی بیش تر از 4 دوره ی درمانی ناموفق با دارو را پشت سر گذاشته باشند. برخی دیگر نیز ممکن است عوارض جانبی این داروها را غیرقابل تحمل بیابند و درمان را به خاطر شکایاتی نظیر حالت تهوع، یبوست، افزایش وزن، بی خوابی، کاهش میل جنسی، نقص های شناختی و احساس خستگی مداوم رها کنند. برای این گروه از بیماران TMS درمانی مناسب به نظر می رسد که می تواند یا جایگزین دارو و یا مکملی برای تقویت اثرات دارو باشد.
TMS درمانی است که اثر آن بر کاهش سمپتوم های افسردگی مورد تایید سازمان غذا و داروی آمریکا قرار گرفته است. این درمان کاملا بی خطر بوده و در کلینیک های درمانی مورد استفاده قرار می گیرد. TMS هیچ کدام از عوارض جانبی داروهای ضدافسردگی را در پی ندارد. بیماران در حین درمان کاملا هوشیار بوده و هیچ ناراحتی را تجربه نکرده و می توانند بلافاصله پس از درمان به زندگی نرمال خود بازگردند.